Femto Pulse
Agilent Femto Pulse nabízí vynikající řešení pro analýzu vzorků DNA s vysokou molekulovou hmotností s vysokou přesností. Tento přístroj využívající technologii elektroforézy v pulzním poli poskytuje přesnou kvantifikaci a hodnocení kvality vzorků DNA až do velikosti 165 kb, což je klíčové pro hodnocení kvality knihoven sekvenování s dlouhým čtením a predikci průměrné délky čtení v NGS s dlouhým čtením.
Ve srovnání s jinými analytickými přístroji na bázi nedenaturačního gelu vyniká Femto Pulse System tím, že dosahuje výrazně vyšší citlivosti fragmentovaných nukleových kyselin a fragmentů nukleových kyselin. Tato schopnost umožňuje detekci vzorků s nízkou koncentrací, což z něj činí ideální nástroj pro vysoce citlivou analýzu vzorků RNA nebo cfDNA.
Vlastnosti
Porovnání elektroforetickýh technologií s konstantním a pulzním polem
Výběr vhodné technologie elektroforézy je zásadní pro dosažení úspěšných výsledků sekvenování NGS. Experimentální data naznačují, že jak technologie konstantního pole, jako je Agilent Fragment Analyzer, tak technologie pulzního pole, jako je přístroj Agilent Femto Pulse, mohou být použity pro analýzu kvality sekvenačních knihoven. Systém Femto Pulse však poskytuje přesnější stanovení velikosti pro vysokomolekulární (HMW) DNA, genomickou DNA (gDNA) a fragmentované vzorky v rozsahu 10 až 20 kb a více.
Kontrola vhodné velikosti fragmentů při long-read sekvenování pomocí Agilent Femto Pulse
Výsledky long-read sekvenování lze optimalizovat vhodným výběrem velikosti fragmentů pro přípravu knihovny s vyloučením fragmentů pod zadanou prahovou hodnotou. Potvrzení úspěšně připraveného vzorku dané velikosti lze získat z elektroferogramu generovaného přístrojem Agilent Femto Pulse, přičemž je uvedena průměrná velikost fragmentů. Další validace pomocí Oxford Nanopore MinION sekvenování je v souladu s průměrnými velikostmi fragmenů stanovenými přístrojem Femto Pulse, což potvrzuje jeho přesnost stanovení velikosti fragmentů pro sekvenační knihovny s dlouhým čtením.
Vizualizace DNA pro long-read sekvenování pomocí molů, nikoli hmotnosti
Při hodnocení vzorků DNA s vysokou molekulovou hmotností pomocí hmotnostní analýzy mívají analytické softwary tendenci vytvářet vizualizace, které nedostatečně zobrazují menší fragmenty ve vzorku. Tento nepřesný odhad ovlivňuje kvalitu sekvenování, protože menší fragmenty jsou v knihovně přednostně sekvenovány před většími. Systém Femto Pulse využívá vizualizaci založenou na molech a analýze fragmentů k přesné kvantifikaci velikosti fragmentů, čímž zlepšuje predikci délek dlouhého čtení sekvencí.
Specifikace
Specifikace
| Pracovní teplota | 19-25 °C |
| Rozměry (dxhxv) | 36 cm x 51 cm x 61 cm |
| Typ soupravy | Kvantitativní |
| Frekvence | 47-63 Hz |
| Síťové napětí | 100-240 V |
| Provozní prostředí | Relativní vlhkost 20–80 % |
| Počet vzorků na běh | 12 |
| Spotřeba energie | 150 VA |
Vlastnosti:
- Široký rozsah velikostí analyzovaných fragmentů – Oddělte fragmentovanou DNA a fragmenty DNA s vysokou molekulovou hmotností až do velikosti 165 kb za přibližně 1,5 hodiny.
- Citlivost na úrovni femtogramu – Detekce nukleových kyselin až do 50 fg/µL, dosažení 10krát vyšší citlivosti pro fragmentové nukleové kyseliny a až 100krát vyšší citlivosti pro fragmenty nukleových kyselin.
- Zjednodušené pracovní postupy – Nahraďte gelovou elektroforézu s pulzním polem automatizovanou kapilární elektroforézou, abyste urychlili přípravu knihovny NGS s dlouhým čtením a analýzu BAC.
- Jednoduchá příprava vzorku – Minimalizujte degradaci vzorku pomocí menšího počtu pipetovacích kroků a stabilních činidel.
- Velká kapacita vzorků – Pojme až tři 96jamkové destičky najednou, což umožňuje naprogramovat bezobslužnou separaci až 288 vzorků.
- Malý objem vzorku – Použijte pouze 2 µl vzácného vzorku a dosáhněte vynikající detekce s bezkonkurenční citlivostí.
