Webinar: "Combining Metabolomics and CRISPRi to Understand and Engineer Bacterial Metabolism"
Zapraszamy na bezpłatny webinar.
Podczas seminarium omówimy, w jaki sposób wewnątrzkomórkowe stężenia metabolitów wpływają na funkcjonowanie i stabilność sieci metabolicznych.
Wykorzystując wysokoprzepustową spektrometrię mas z analizą przepływowo-iniekcyjną (flow-injection mass spectrometry), zmierzyliśmy metabolity w tysiącach próbek i systematycznie zmapowaliśmy zmiany metabolomu w szczepach Escherichia coli modyfikowanych metodą CRISPRi, ukierunkowaną na wszystkie geny uwzględnione w genomowym modelu metabolicznym. Wiele metabolitów praktycznie niewykrywalnych w komórkach typu dzikiego akumulowało się w określonych knockdownach, co wskazuje, że komórki aktywnie utrzymują ich stężenia na minimalnym poziomie.
Za pomocą LC/MS/MS potwierdziliśmy te wyniki oraz opracowaliśmy widma referencyjne dla ponad 100 wcześniej niescharakteryzowanych metabolitów.
Nasze badania pokazują, że niskie stężenia metabolitów wspierają stabilność metaboliczną poprzez umożliwienie regulacji na poziomie substratu, ograniczenie inhibicji kompetycyjnej oraz tłumienie reakcji ubocznych. Jednocześnie minimalne pule metabolitów mogą ograniczać przepływ przez projektowane szlaki metaboliczne.
Przedstawimy również przykłady wykorzystania „wąskich gardeł” metabolicznych do przekierowywania strumienia metabolicznego do projektowanych szlaków.
Prelegenci:
- Anna Walke – LC/MS Application Engineer, Agilent Technologies
- Hannes Link – Professor at the University of Tübingen, Director of the Interfaculty Institute for Microbiology and Infection Medicine
